Башкирский государственный медицинский университет вошел в интервальную группу 801-900 международного рейтинга MosIUR и занимает 30-36 место среди российских вузов. Среди медицинских вузов он занимает 4 позицию, опережая Первый МГМУ имени Сеченова, Первый СПбГМУ имени Павлова и Российский НИМУ имени Пирогова.
БГМУ является значимым резидентом Межвузовского студенческого кампуса Евразийского НОЦ. Университет занимает 2 этажа эталонного научного пространства с современными лабораториями и комфортными аудиториями для студентов.
Рейтинг «Три миссии университета» создан Российским Союзом ректоров по поручению Президента России. Московский международный рейтинг вузов оценивает образование, науку и взаимодействие с обществом.
Результаты рейтинга «Три миссии университета» 2024 года обсуждались на заседании Съезда Российского Союза ректоров при участии ректора БГМУ Валентина Павлова. Обсуждались также развитие образования и сотрудничество с Российской академией наук в научно-технологическом развитии.